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ArrayExpress數據庫挖掘(類似GEO數據庫的另一個芯片

時間:2019-04-19 06:46來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
ArrayExpress與Geo數據庫類似,里面都存儲這大量芯片表達數據,對于數據庫挖掘的學員來說,ArrayExpress是一個不可或缺的數據庫。

ArrayExpressArchive of Functional Genomics Data stores data from high-throughput functionalgenomics experiments, and provides these data for reuse to the researchcommunity.

ArrayExpress與Geo數據庫類似,里面都存儲這大量芯片表達數據,對于數據庫挖掘的學員來說,ArrayExpress是一個不可或缺的數據庫。生信自學網應學員的要求,錄制了ArrayExpress數據庫挖掘的視頻。視頻主要從以下幾個方面錄制講解ArrayExpress數據庫的挖掘,首先,我們會講解如何從ArrayExpress數據庫下載數據,大家通過網頁和R包下載ArrayExpress數據。

接下來,生信自學網針對三種不同的數據,采用三種不同的方法進行分析。A,對于下載數據已經包含探針矩陣的,我們利用平臺文件將探針矩陣轉換為基因矩陣。B,對于下載的數據是單個的表達文件,我們先將單個表達文件合并成探針矩陣,然后在轉換為基因矩陣。C,對于下載的數據是原始數據的,我們首先用R包將原始數據轉換為探針矩陣,然后在轉換為基因矩陣。

通過以上幾種方法得到了基因矩陣以后,我們對樣品進行分組,將正常樣品放前面,腫瘤樣品放后面,然后做差異分析。得到差異基因以后,我們就可以做功能和通路分析,這些都是常見的分析了。

下面我們看看課程的主要步驟和常見的圖形:



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責任編輯:樂偉
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