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線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR

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發表于 2019-3-2 23:04:02 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂
線性基因組可視化神來之筆---karyoploteR
--光俊


      隨著人類基因組逐漸被破譯,一張生命之圖將被繪制,人們的生活也將發生巨大變化。今天我們給大家介紹一個包,對于性基因組可視化來說,可謂是神來之筆。
      記得多年前,剛接觸高通量測序,為了畫一張覆蓋度圖,花了一周時間寫代碼。那時用的辦法非常笨,不過總算能夠完成操作。我們可以描述一下大概的過程:我們是從bam文件出發,先把bam文件轉換為bed文件,有了bed文件以后,在對染色體劃分區段,比如10kb為一段,然后計算每個區段的覆蓋深度。然后在應用復雜的R代碼,先把23挑染色體畫出來,然后再把每個區段的深度plot上去。現在想想,聽起來就覺得復雜。現在好了,這些復雜的工作,一個命令就搞定,這就是我們今天要介紹的karyoploteR包。
     我們只要準備簡單的輸入文件,就能完成漂亮的基因圖的繪制。比如我們做GEO和TCGA數據挖掘的時候,得到了差異表達的表格,我們只需要利用差異表達里面基因名字和logFC,就能完成一張漂亮的基因組圖。
     再比如,我們手頭有CNV或者基因融合的結果,我們就可以利用最原始的數據,繪制基因組圖。
     更神奇的是,我們可以直接輸入bam文件,就能得到漂亮的圈圖。是不是很神奇,以前公司做項目,需要兩三千的圖形,現在只要幾個命令就能搞定,想學的趕緊加入我們生信自學網。
     下面我們看一段腳本,非常簡單將bam直接可視化。
  1. setwd("C:\\Users\\lexb4\\Desktop\\karyoploteR\\12.kpPlotBAMDensity")
  2. library(karyoploteR)
  3. bamFile <- "input.bam"
  4. window.size <- 1e4                     #compute the density with 10kb windows
  5. pdf(file="kpPlotBAMDensity.pdf",width=10,height=7)
  6. kp <- plotKaryotype(genome="hg38")
  7. kp <- kpPlotBAMDensity(kp, data = bamFile, window.size = window.size, r0=0, r1=1, ymax=600, col="darkorchid")
  8. kpAddBaseNumbers(kp, tick.dist=10000000, minor.tick.dist=1000000)
  9. dev.off()
復制代碼

接下來我們看看karyoploteR的效果圖,如下:




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 樓主| 發表于 2019-3-3 17:10:11 | 只看該作者
生信自學課堂
不錯的R包,值得推薦
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    開心
    2019-2-25 23:14
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    發表于 2019-3-21 15:02:44 | 只看該作者
    生信自學課堂
    如果對這部分分析感興趣,可以學習:基因組可視化視頻(genome/karyoploteR/線性基因組/生物信息學)
    生信自學網原創課程:http://www.emyger.tw/shop/biovideo-166.html微信購買請點這里:基因組可視化視頻
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