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GO功能富集分析視頻教程

時間:2017-08-16 09:58來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
差異基因功能富集分析非常重要,也很常見,這里講解DAVID在線工具做GO功能富集分析,利用R軟件做富集可視化分析。
GO(Gene ontology)按照生物途徑(Biology Process),分子功能(Molecular Function)和細胞定位(Cellular Location)對基因進行注釋和分類。通過對差異表達基因進行GO terms富集度統計學的分析,計算出差異基因GO term的p-value和p-value的FDR值(q-value),定位差異基因最可能相關的GO term。
比如說我們總的基因是20000個,在某個GO上有200個,就是20000與200的比例。假設人的基因有20000個,然后在某個GO上有200個基因。得到的差異基因是100個,那么按隨機比例來計算,這100個差異基因應該有1個差異基因富集在這個GO上。如果這時候有20個差異基因富集在這個GO上,那么肯定不是隨機產生的,說明這些差異基因在這個GO上是具有富集的,跟這個GO是很相關的,這個就是GO富集的原理。
GO富集分析使用的是DAVID在線工具,DAVID6.8的功能非常強大,做GO富集分析是DAVID的一個重要功能。


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責任編輯:樂偉
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