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TCGA數據庫腫瘤突變負荷分析(TMB/tumor mutation burd

時間:2019-04-03 16:09來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
腫瘤突變負荷是一個比較熱門的分析,而且頻繁用于各大醫院臨床應用,通過腫瘤突變負荷的程度,可以預測生存期,以及病人的免疫治療的療效。
TCGA數據庫腫瘤突變負荷
生信自學網新課程《TCGA數據庫腫瘤突變負荷分析》即將上線
腫瘤突變負荷是一個比較熱門的分析,而且頻繁用于各大醫院臨床應用,通過腫瘤突變負荷的程度,可以預測生存期,以及病人的免疫治療的療效。
課程分四部分的內容:
第一部分:
腫瘤突變負荷簡介
TMB就是腫瘤組織每兆堿基中突變的總數。通俗的講,就是腫瘤基因的突變密度,也就是腫瘤基因組中平均有多少突變,包括基因編碼錯誤、堿基替換、基因插入和確實錯誤的總數。
一定程度上可以理解成單位區域內發生變換的密度總量越大,腫瘤突變負荷(TMB)越高,那么可能相應的腫瘤相關的致癌突變越多,每個腫瘤的個性就越突出,越不同于正常細胞。
腫瘤免疫治療的精髓就是通過各種方法換氣、加強機體的免疫系統對腫瘤的殺傷。這種情況下,腫瘤突變負荷(TMB)越大,即突變越大的癌細胞,越不想正常細胞,越容易被免疫細胞發現,越容易成為腫瘤免疫的靶子,從而理論上講越有可能對免疫治療有效。
TMB越高的腫瘤病人對于免疫反應的效果越好。現在已知:高TMB可以幫助預測腫瘤免疫治療在肺癌、膀胱癌、黑色素瘤等腫瘤病人中的療效。
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突變數據下載
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突變數據常見圖形





計算腫瘤突變負荷

第二部分:
臨床數據下載和整理
TMB和生存關系
TMB和臨床性狀關系

第三部分:TMB和基因表達的關系
差異分析
根據腫瘤突變負荷中位值把樣本分兩組,做差異分析
差異熱圖
GO富集分析
KEGG富集分析

第四部分:
免疫浸潤細胞
突變和免疫浸潤關系


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責任編輯:樂偉
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