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TCGA數據庫腫瘤微環境挖掘腫瘤免疫評分基質評分

時間:2019-03-22 10:13來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
在腫瘤微環境中,免疫細胞和基質細胞是兩種主要類型的非腫瘤組分,并且已被提出對于腫瘤的診斷和預后評估具有價值的。
TCGA數據庫腫瘤微環境挖掘
主要內容
1、簡介
首先會給大家介紹腫瘤的微環境,腫瘤微環境是腫瘤細胞所處的細胞環境,其組成包括細胞外基質、可溶性分子和腫瘤基質細胞。腫瘤微環境一旦形成,眾多面會議細胞,如T細胞、髓源抑制細胞、巨噬細胞等,都被催化至此,構成腫瘤的微環境。生信自學網新課預告
在腫瘤微環境中,免疫細胞和基質細胞是兩種主要類型的非腫瘤組分,并且已被提出對于腫瘤的診斷和預后評估具有價值的。

預測軟件
我們是使用ESTIMATE預測軟件,這個軟件可以預測我們腫瘤的一個純度,重要是通過預測免疫打分和基質打分預測腫瘤的純度,從而預測基質細胞和免疫細胞的含量,預測到基質和免疫細胞的含量之后,基質細胞和免疫細胞含量多了,那么腫瘤純度就低。
預測用到的數據就是基因表達的數據,之前我們生信自學網錄制的《TCGA腫瘤免疫細胞浸潤》課程用到的也是基因表達的矩陣。這里的算法是單樣品的GESA算法。
通過ESTIMAT軟件預測,可以得到三列信息:
stromal scor 基質細胞打分
immune score 免疫細胞打分
estimate score 綜合打分,就是基質細胞打分和免疫細胞打分的綜合

2、表達數據下載
數據下載盡量從TCGA官網下載,因為TCGA的數據在不斷的更新,這樣在寫文章的時候也可以直接寫上下載數據的時間節點。TCGA數據在腫瘤研究中占用非常重要的地位,所以很多機構做了一些方便下載的界面或工具,但大部分數據都沒有更新,很多還是2015年的數據,所以提醒大家一定要從TCGA官網下載數據。按照我們生信自學網的方法,從TCGA下載數據,合并數據是非常簡單的,因為腳本已經幫大家寫好了,只需要做簡單的電腦操作就可以把數據提取出來。

3、數據整理
從TCGA數據庫下載的數據,每個樣本是一個文件,我們需要利用生信自學網原創的腳本提取合并矩陣文件,整理成矩陣之后就方便我們后續的分析
4、腫瘤微環境分析(免疫和基質評分)
接下來我們會用矩陣做腫瘤微環境分析,這一步可以得到兩個重要結果,免疫評分和基質評分,也就是腫瘤組織里面免疫細胞的評分和基質細胞的評分

5、臨床數據下載和整理
購買課程提供資料代碼,答疑請聯系微信:18520221056
6、評分和生存關系
評分和生存之間的關系,得到免疫細胞多與生存是什么關系,免疫細胞降低了,跟生存又有什么關系,我們就可以做免疫評分和生存的關系,也可以做基質評分和生存的關系。

7、評分和臨床性狀關系
接下來做評分玉臨床性狀的關系,比如我們希望找到基質評分與分期之間的關系,基質評分是否根癌癥轉移有關,就需要做評分和臨床性狀的關系

8、差異分析
這里的差異分析和之前我們做的差異分析不同,之前在TCGA基礎課程中,我們做的是癌旁和癌癥之間的差異分析,這里我們依據免疫評分或者基質評分,我們把腫瘤樣本分兩組,然后做癌癥內部分析。根據免疫評分、基質評分分別分組后做差異,得到兩組結果,再把這兩組結果做交集,這樣得到結果的可靠性更強。

9、差異熱圖
分別做免疫評分分組后的熱圖,基質評分分組后的熱圖,生信自學網原創錄制
10、GO富集分析

11、KEGG富集分析
12、基因生存分析

批量做差異基因的生存分析

13、蛋白互作網絡分析


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
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