知識的價值不在于占有,而在于使用。

生信自學網-速科生物-生物信息學數據庫挖掘視頻教程

當前位置: 主頁 > TCGA >

m6A-RNA甲基化(m6A RNA methylation)5分純生信文章解讀

時間:2019-05-21 15:59來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
m6A RNA methylation文章解讀
m6A RNA methylation研究是當前分析的熱點,如何抓住這個熱點,結合自己的研究?
今天我們來解讀一篇m6A RNA methylation的5分文獻,希望對大家有幫助,當然大家可以學習生信自學網最新發布的課程《m6A RNA甲基化5分文章套路視頻(腫瘤分型/RNA修飾)》
首先我們看下文章和文章簡介:


1、m6a-RNA甲基化調節因子的表達與膠質瘤的臨床病理特征相關

圖1、m6a-RNA甲基化調節因子在具有不同臨床病理特征的膠質瘤中的表達。(A-D)13個m6a RNA甲基化調節因子在不同世衛組織分級的膠質瘤中的表達水平。(E-F)不同IDH狀態下LGG中m6a RNA甲基化調節因子的表達水平。(G)不同IDH狀態的GBM中m6a-RNA甲基化調節因子的表達水平。(h)不同1P/19Q碼刪除狀態的IDH突變體(mIDH)LGG中m6a RNA甲基化調節因子的表達水平。*p<0.05,**p<0.01,***p<0.001,***p<0.0001。
 
2、m6a-RNA甲基化調節器的一致性聚類確定了兩組具有不同臨床結果和臨床病理特征的膠質瘤。

圖2、RM1/2亞組膠質瘤的臨床病理特征和總生存率的差異(A)k=2~10的一致性聚類累積分布函數(CDF)。(B)k=2~10時CDF曲線下面積的相對變化。(C)m6A-RNA甲基化調節器一致表達所定義的兩個簇(RM1/2)的熱圖和臨床病理特征。(D)309名CGGA膠質瘤患者的Kaplan–Meier總生存率(OS)曲線。
 
3、通過一致性聚類確定的類別與膠質瘤的惡性程度密切相關。

圖3、RM1/2亞群中m6a-RNA甲基化調節因子的相互作用和膠質瘤的功能注釋。(A)13 m6A RNA甲基化調節器之間的m6A修飾相關相互作用。(B)13 m6a改性調節器的斯皮爾曼相關分析。(C)CGGA數據集中總RNA表達譜的主成分分析。RM2亞組的膠質瘤用紅色標記。(D-E)使用GO生物學過程術語(D)和Kegg通路(E)對在RM2亞組(紅色條形圖)或RM1亞組(綠色條形圖)中表達較高的基因進行功能性注釋。(F)GSEA顯示RM2亞群中高表達的基因豐富了惡性腫瘤的特征。
 
4、m6a-rna甲基化調節器的預后價值,以及使用七個選擇的m6a-rna甲基化調節器構建的風險特征

圖4、7個m6a RNA甲基化調節器的風險信號。(A)構建包含7個m6a RNA甲基化調節器的簽名的過程。用單變量Cox回歸計算的危險比(HR)、95%置信區間(CI)和用lasso計算的多變量Cox回歸計算的系數。(B-C)根據風險評分分配給高、低風險組的CGGA(B)和TCGA(C)數據集中患者的Kaplan-Meier總生存率(OS)曲線。
 
5、預后風險評分顯示與膠質瘤的臨床病理特征密切相關。

圖5、風險評分、臨床病理特征與RM1/2亞組的關系。(A)heatmap顯示了7種m6a RNA甲基化調節因子在低風險和高風險膠質瘤中的表達水平。比較低危組和高危組臨床病理特征的分布。***p<0.001(b-h)根據WHO等級(B)、TCGA亞型(C)年齡(D)、IDH狀態(E)、1P/19Q編碼狀態(F)、性別(G)和RM1/2亞組(H)對CGGA數據集中的風險評分分布進行分層。**p<0.01和****p<0.0001。(I-L)ROC曲線顯示風險特征、WHO分級和年齡對三年生存率(I)、RM1/2亞組(J)、IDH突變狀態(K)和1P/19Q編碼狀態(L)的預測效率。(M-N)CGGA(M)和TCGA(N)數據集中臨床病理因素(包括風險評分)與患者總生存率之間相關性的單變量和多變量Cox回歸分析。ns無顯著性,***p<0.001,***p<0.0001。
 
圖6、按世衛組織分級分層的患者風險特征的預后價值。(A-C)Kaplan-Meier:世衛組織II級(A)、世衛組織III級(B)和GBM(C)患者的總生存曲線。(D-E)ROC曲線顯示了在CGGA(D)和TCGA(E)數據集的GBM中,風險特征對間充質亞型的預測效率。(F-I)高風險評分的GBM患者從TMZ化療中獲益更大。
以上就是這篇m6A RNA Methylation文章的主要分析內容,很多同學看到這么多圖,這么多分析,無從下手,其實現在生信分析沒有那么難,關鍵是找方法。
生信自學網專業從事生信培訓,生信課程開放,為您提供專業的生信服務。
入門m6A 
RNA Methylation,可以學習我們最新推出的課程m6A RNA甲基化5分文章套路視頻(腫瘤分型/RNA修飾)
關注微信公眾號“生信自學網”,回復“m6A”獲取文章原文:



掃碼參與本期秒殺活動,原價350元課程,秒殺價69元:


責任編輯:樂偉
作者申明:本文版權屬于生信自學網(微信號:18520221056)未經授權,一律禁止轉載!
馬上與樂老師QQ聯系 生信自學連
BioWolf二維碼生成器
頂一下
(2)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔線----------------------------
發表評論
請自覺遵守互聯網相關的政策法規,嚴禁發布色情、暴力、反動的言論。
評價:
表情:
用戶名: 驗證碼:點擊我更換圖片
BioWolf騰訊課堂
推薦內容
秒殺活動
生物信息學在線培訓
三字竟