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  • [TCGA] 還在傻傻的說TCGA沒有癌旁?GTEx來助力 日期:2019-06-14 13:52:29 點擊:5168 好評:2

    你是否遇到這樣的問題,TCGA癌旁太少甚至沒有,做免疫做到后面癌旁樣本只剩下5個一下的個位數,審稿人冷不丁的來一句這么少的癌旁有沒有意義?那么有了GTEx數據庫,有正常樣品助...

  • [TCGA] GTEx數據庫聯合TCGA做分析 日期:2019-06-05 13:36:11 點擊:2351 好評:6

    TCGA數據庫癌旁樣本少(沒有癌旁)怎么辦? GTEx數據庫聯合TCGA做分析 通常我們在挖掘TCGA數據庫的時候,會發現該項目納入的正常組織測序結果是非常少的,也就是說很多病人都不會有...

  • [TCGA] m6A-RNA甲基化(m6A RNA methylation)5分純生信文章解讀 日期:2019-05-21 15:59:52 點擊:1836 好評:4

    m6A RNA methylation文章解讀...

  • [TCGA] m6A RNA甲基化生物信息學挖掘思路 日期:2019-05-17 15:15:06 點擊:2939 好評:4

    RNA修飾是一種轉錄后水平的調控方式,目前已鑒定到超過150種RNA修飾,它們廣泛分布于各類RNA,如信使RNA(mRNA)、轉運RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)、非編碼小RNA(sncRNA)和長鏈非編碼...

  • [TCGA] TCGA數據庫腫瘤突變負荷分析(TMB/tumor mutation burd 日期:2019-04-03 16:09:30 點擊:3127 好評:14

    腫瘤突變負荷是一個比較熱門的分析,而且頻繁用于各大醫院臨床應用,通過腫瘤突變負荷的程度,可以預測生存期,以及病人的免疫治療的療效。...

  • [TCGA] TCGA數據庫腫瘤微環境挖掘腫瘤免疫評分基質評分 日期:2019-03-22 10:13:11 點擊:2922 好評:10

    在腫瘤微環境中,免疫細胞和基質細胞是兩種主要類型的非腫瘤組分,并且已被提出對于腫瘤的診斷和預后評估具有價值的。...

  • [TCGA] GEO、TCGA、Oncomine應該選擇哪一個? 日期:2019-03-01 14:17:51 點擊:2610 好評:12

    大數據時代,生物數據越來越多了,數據庫也越來越多了,各種各樣的基因芯片數據庫、蛋白質數據庫...琳瑯滿目...

  • [TCGA] TCGA數據庫后臺是如何規范TCGA樣品ID的? 日期:2019-03-01 12:33:14 點擊:1280 好評:8

    TCGA數據庫現在是生信分析的熱點,生信自學網開創了用生信方法解讀TCGA數據的先河,給研究者提供了新的研究方案。...

  • [TCGA] 3到11分文章解讀(腫瘤免疫浸潤挖掘方向) 日期:2019-02-12 22:35:29 點擊:4490 好評:26

    免疫浸潤是一個非常經典的思路,通過簡單的基因矩陣數據,我們將復雜實驗才能提取的免疫細胞含量直接計算出來,對科研工作非常有幫助。今天我們來講講,通過腫瘤免疫浸潤分析...

  • [TCGA] 基于TCGA數據庫腫瘤免疫細胞浸潤分析流程 日期:2019-02-01 17:30:48 點擊:2302 好評:10

    在這個分析思路中,最關鍵的一步就是如何用CIBERSORT這個軟件把基因矩陣轉換為免疫細胞矩陣。...

  • [TCGA] TCGA突變數據如何做分析? 日期:2018-09-06 05:57:45 點擊:3172 好評:34

    TCGA突變數據分析...

  • [TCGA] TCGA臨床數據整理分析課程 日期:2018-07-08 17:02:01 點擊:3616 好評:20

    這注定是個不平凡的夏天,世界杯正在熱播,我們的研究沒有停歇,在這個忙碌的夏天,我們精心錄制了三個課程,現在各平臺均已上線,各位學員在看世界杯的空余,可以學習課程,...

  • [TCGA] 甲基化和基因表達聯合分析 日期:2018-06-15 15:28:06 點擊:2014 好評:10

    繼TCGA基礎課程、Cox風險模型、ceRNA網絡構建課程推出之后,在學員強烈要求下,我們的程序員、授課老師合理規劃,協同合作,經過半年的努力,終于推出了《TCGA甲基化基礎課程》、《...

  • [TCGA] Cox比例風險回歸模型發文思路 日期:2018-06-07 15:02:19 點擊:1556 好評:6

    TCGA數據庫挖掘,癌癥分析首選數據庫,Cox比例風險回歸模型是TCGA分析一個非常重要的方法,同時也是一個發文熱點。...

  • [TCGA] TCGA甲基化分析再續經典課程 日期:2018-05-17 13:45:11 點擊:1040 好評:10

    TCGA甲基化分析是當前分析的熱點,也是TCGA分析的藍海,具有很強的分析價值。...

  • [TCGA] ceRNA網絡構建發文套路SCI快速發文 日期:2018-03-13 13:28:16 點擊:2351 好評:20

    學員又發文了,ceRNA網絡構建,原來SCI發文可以通過學習做到,而且只要認真學習我們的課程,課程的數據和結果可以直接上論文。...

  • [TCGA] TCGA數據庫挖掘甲基化分析 日期:2018-03-11 15:27:39 點擊:3334 好評:6

    而你看到的課程,是我們3個生信大神老師,經過半年對TCGA數甲基化數據魔鬼化分析得到大作。...

  • [TCGA] TCGA數據庫2018改版 日期:2018-03-03 20:29:18 點擊:3915 好評:24

    新年新氣象,TCGA迎來新一次改版,和以往的改版如出一轍,改動的是網頁的格式和鏈接,數據并沒有做修改,提供的指導性文件更多更人性話了,這也是所有TCGA研究者的福音。...

  • [TCGA] TCGA下載和提取臨床數據 日期:2018-01-27 20:04:13 點擊:14378 好評:46

    TCGA數據庫包含大體量數據,其中非常關鍵的是臨床數據,公開這些臨床數據,對科研工作有非常大的幫助,那么下載和提取臨床數據顯得非常關鍵和重要,可以說,提取臨床數據是研究TCGA數據...

  • [TCGA] ceRNA調控網絡構建-TCGA數據庫挖掘 日期:2018-01-27 20:03:54 點擊:5018 好評:10

    ceRAN網絡構建是基于競爭性內源RNA(ceRNA)假說,TCGA數據庫下載和提取lncRNA表達數據,用edgeR包分別做差異,得到差異lncRNA、差異mRNA和差異miRNA,通過數據庫,...

  • [TCGA] TCGA數據庫定制ceRNA網絡圖聚類圖熱圖 日期:2017-12-31 15:38:32 點擊:1224 好評:10

    老師從事生信分析8年,全職為廣大學員提供專業的生物信息學視頻教材,提供專業生信分析,定制生信圖文,繪圖定制服務。...

  • [TCGA] TCGA數據庫基因表達差異和生存分析(生存曲線SC 日期:2017-12-31 15:15:16 點擊:6602 好評:8

    圖形都是高清圖,可以幫助大家發表論文使用。提供圖形可直接用于文章發表文章,是高清的tiff格式圖片(≥400dpi)。...

  • [TCGA] TCGA數據庫單個基因也可以做GSEA富集分析 日期:2017-11-29 13:50:58 點擊:1170 好評:-4

    TCGA數據庫單個基因GSEA富集分析,需要提供癌癥分析的基因,以及癌癥分析的類型。...

  • [TCGA] TCGA數據庫乳腺癌BRCA挖掘 日期:2017-11-01 10:10:16 點擊:1816 好評:8

    乳腺癌(breaster cancer)是發生于乳腺上皮或導管上皮的惡性腫瘤。TCGA數據庫保存了1000多個乳腺癌樣本,屬于樣本信息非常齊全的腫瘤,同時臨床信息也很齊全,是臨床分析和學術研究的...

  • [TCGA] TCGA數據庫挖掘癌癥腫瘤臨床TNM分期 日期:2017-10-31 15:28:44 點擊:2060 好評:16

    TCGA數據庫分析地位如此重要,比較主要的一個因素就是同時有表達量數據和臨床數據,結合表達量數據和臨床數據可以做很多分析,雖然沒有SEER數據庫腫瘤臨床信息全面,但詳細的TN...

  • [TCGA] TCGA數據庫生存分析繪制5年生存曲線 日期:2017-10-31 15:01:26 點擊:1470 好評:0

    TCGA數據庫挖掘,可以做表達量差異分析,臨床分析,結合表達和臨床可以做生存分析,生存分析為了探索和了解影響生存時間長短的因素,或平衡某些因素影響后,研究某個或某些因素...

  • [TCGA] TCGA數據庫Counts和FPKM以及FPKM-UQ 日期:2017-08-27 21:21:28 點擊:6111 好評:18

    在做TCGA數據庫分析時,下載基因表達矩陣時,遇到一個選項,需要選擇Counts、FPKM、FPKM-UQ,很多學員有點困惑,這些都是什么區別呢?...

  • [TCGA] TCGA數據庫數據類型速查 日期:2017-08-23 22:47:37 點擊:1582 好評:6

    TCGA數據庫包括mRNA表達數據、microRNA表達數據、拷貝數數據、蛋白質數據、基因突變數據以及甲基化數據...

  • [TCGA] 不做實驗的生信分析可行嗎? 日期:2017-08-22 19:16:51 點擊:5231 好評:36

    隨著生物測序的發展,生物數據越來越龐大,實驗成本越來越高,對于普通的學生,或者是醫務工作這,最佳研究思路就是結合實踐或者專業知識,分析現有的數據庫,也可以結合自用...

  • [TCGA] TCGA數據庫完整臨床數據全部提取 日期:2017-08-15 07:26:20 點擊:7475 好評:-4

    TCGA數據庫33種癌癥,完成臨床數據,lncRNA矩陣,miRNA表達矩陣,mRNA表達矩陣,需要就可以直接聯系獲取...

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