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中藥復方網絡藥理學找藥物靶點

時間:2019-06-04 13:30來源:生信自學網 作者:樂偉 點擊:
中藥復方網絡藥理學視頻課程之如何找藥物靶點,使用TCMSP數據庫
中藥靶點
前面我們給大家介紹了如何從TCMSP數據庫獲取中藥的中藥成分,做后面的分析的話,我們還需要獲取中藥的靶點,中藥靶點我們還是利用TCMSP數據庫。
如果大家希望快速學習相關內容,可以直接購買生信自學網錄制的《中藥復方網絡藥理學》的課程。
當然,在找靶點之前,我們可以先了解如何找到中藥的有效成分:
 
http://www.emyger.tw/Pharmacology/TCMSP_component.html
1、進入TCMSP數據庫:http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
2、在搜索框輸入需要分析的中藥,比如huanglian,進入選擇頁面,選擇最符合要求的中藥。
3、進入結果頁面,前面我們用到的是Ingredients,現在我們選擇Related Targets,選擇之后我們就可以看到中藥的靶點,這里顯示的是所有有效成分的靶點,在前做有效成分的時候,我們通過兩個條件做了刪選,分別是OB>30%,DL>0.18,那么在選擇靶點的時候,我也需要已經刪選過的中藥有效成分的靶點。

因為每一個有效成分對應的靶點不止一個,所以,在這里我們把所有的靶點都下載下來,然后結合前面有效成分的數據,通過perl腳本,整理得到有效成分的靶點。
4、經過前面的操作,我們就得到了兩個文件
分別是重要中藥有效成分、中藥靶點


接下來我們就希望得到刪選后的中藥成分的靶點,那么我們這里需要用到perl腳本:

###Video source: http://study.163.com/provider/1026136977/index.htm?share=2&shareId=1026136977
######Video source: http://www.emyger.tw/shop/
######生信自學網: http://www.emyger.tw/
######合作郵箱:[email protected]
######答疑微信: 18520221056

use strict;
use warnings;

my %hash=();

open(RF,"ingredients.txt") or die $!;
while(my $line=<RF>){
	chomp($line);
	my @arr=split(/\t/,$line);
	$hash{$arr[0]}=1;
}
close(RF);

open(RF,"targets.txt") or die $!;
open(WF,">targetName.txt") or die $!;
print WF "MolId\tMolName\tTarget\n";
...
...
獲取代碼請聯系微信:18520221056

經過處理,我們得到了可以用于后續分析的數據:



責任編輯:樂偉
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