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快速解決GEO芯片樣本少的問題

時間:2018-03-11 08:52來源:原創 作者:森莘 點擊:
做GEO數據分析的時候,你是否因為樣本量太少苦惱呢? 做共表達網絡的時候,是否因為樣品少圖形看起來很low呢? 學員反映的這些問題,我們老師很快給出了明確回復。

做GEO數據分析的時候,你是否因為樣本量太少苦惱呢?

做共表達網絡的時候,是否因為樣品少圖形看起來很low呢?

學員反映的這些問題,我們老師很快給出了明確回復。

樣品是可以增加的
如果我們覺得每個實驗的數據量太少,我們希望增大樣品量,把多個實驗的樣品合并在一起。但是不同實驗可能儀器不同,實驗人員的熟練程度也不同,甚至試劑都不同,這樣就會造成實驗的batch差異

我們就需要進行實驗批次矯正了(batch normalization)。

當然,在GEO下載多個實驗數據的時候,如果我們只需要得到差異基因,那么可以直接學習GEO多芯片聯合分析的課程

下面我們把具體的方法給大家展示,需要獲取代碼直接聯系QQ;2749657388

微信:corale66

如何把多個芯片的樣本合并:

 

1、需要準備的是三個輸入文件,也就是我們從GEO數據庫下載的三個芯片矩陣。
這三個文件就是我們GEO多芯片聯合分析得到的矩陣文件。

2、有了這三個文件,通過我們的腳本,就可以得到一個batch normalization文件了。

3、接下來,我們就可以做我們想要的分析,比如大樣品的差異分析、共表達分析。

 

 

責任編輯:樂偉
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