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NCBI表達譜芯片常用研究方法

時間:2017-06-09 10:01來源:原創 作者:BioWolf 點擊:
NCBI數據庫可以下載大部分GEO表達譜芯片數據,一個簡單實用的研究思路非常重要,安裝可操作的思路,結合自己的研究方向,可以得到不錯的分析結果。
NCBI數據庫提供大部分芯片數據的下載,有我們常見的mRNA表達芯片,miRNA表達芯片,甲基化芯片,對于一個初學者來說,如何下載和分析這些芯片,往往需要一些簡單的知道,否則兩眼一抹黑會浪費很多寶貴的時間。
在GEO數據庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載研究相關的芯片數據。
每個數據集均需符合以下條件:
1、數據集來自全基因組RNA表達芯片;
2、實驗使用人類癌癥患者組織與正常組織對照。
研究方法提綱:
1、在GEO下載的原始芯片數據,導入GCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)在線平臺。在該平臺實驗室內,創建一個分析基因芯片差異基因的實驗方案,平臺自動按設計的方案為導入的芯片數據做差異基因分析,獲得差異基因。
2、利用DAVID6.8(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp)對差異基因進行GeneOntol-ogy功能富集分析(GO分析)。
3、利用KOBAS3.0(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php)基于KEGG數據庫,進行信號通路富集分析。
4、最后利用STRING10.5(http://www.string-db.org/cgi/)進行差異基因編碼蛋白的相互作用網絡分析(PPI)。
完成好這些步驟我們就得到差異基因、差異基因的GO功能富集、KEGG功能富集、還有重要基因關系對、蛋白互作網絡PPI,有了這些圖和表,就可以出一份簡單的報告了,這樣的學習思路是不是很簡單,更多生物信息學視頻教程,請關注生信自學網,你生物信息學習的好伙伴。

責任編輯:樂偉
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